次级淋巴器官包括 ：骨髓 、脾脏 、哈德氏腺 、结膜相关淋巴组织 ，支气管相关淋巴组织和肠道相关淋巴组织 。

骨髓是造血器官 ，也是重要的免疫器官 。骨髓能产生一种特殊的细胞 ，叫“多功能干细胞” ，它随血液运行到机体不同部位 ，分化为不同的免疫细胞 ，例如运行到法氏囊就分化演变为B淋巴细胞 ，运行到胸腺就分化为T淋巴细胞 ，体内所有免疫细胞均由它分化而成 。此外 ，骨髓本身也是多功能干细胞分化为某些免疫细胞的场所 。

脾脏位于腺胃右上方 ，成年鸡的脾脏约有白果大 ，呈棕红色 ，近于球形 。脾脏内有来自法氏囊的B细胞和来自胸腺的T细胞 ，是免疫应答的重要场所 ，也是产生抗体和效应细胞的重要场所 。

淋巴组织肉眼明显可见的只有盲肠扁桃体 ，此外许多器官的粘膜层均有弥散性淋巴组织 ，眼部的哈德尔氏腺淋巴组织最为丰富 。

免疫系统是指存在于鸡体内具有免疫功能的器官 、组织 、细胞(淋巴细胞等)和分子(抗体)组成的完整解剖系统 、并具有一定生理功能的结构 。免疫系统主要包括参与免疫应答的中枢免疫器官 、外周免疫器官和各种免疫细胞 。鸡及其他鸟类的免疫器官的结构和功能与哺乳类动物基本相似 ，但也存有一定的差异 ，其中最为重要的差别是鸟类有一个特殊的免疫器官—法氏囊 ；另外 ，鸡和大部分鸟类没有淋巴结而只有集合淋巴组织 。